Początek Szkoły w Zawoi Wilcznej sięga 1886 roku, kiedy to na Wilcznej zostaje otwarta klasa nadetatowa szkoły pod kościołem. Do szkoły pod kościołem uczęszczali uczniowie z Zawoi i Skawicy. Ze względu na odległości jakie musieli pokonywać,...
Z dniem 1 września 2011 roku weszła w życie Uchwała nr IX/55/2011 Rady Gminy Zawoja, z dnia 27 maja 2011 r., w sprawie włączenia Szkoły Podstawowej nr 2 im. ks. Kardynała Karola Wojtyły w Zawoi Wilcznej w skład Zespołu Szkół w Zawoi Wilcznej.